Film, reportyor Eprill O'Nildən (April O'Neil) bəhs edir. O, Şrederin (Shredder) rəhbərlik etdiyi Fud Klanı (Foot Clan) adlı qrupun törətdiyi cinayətləri araşdırır. Eprill, bu cinayətlərin qarşısını almaq üçün dörd nindza tısbağası olan Leonardo, Rafael, Mikelancelo və Donatello ilə tanış olur.

Eprill, tısbağaların Nyu-Yorku qorumaq üçün gizli olaraq fəaliyyət göstərdiyini öyrənir. Tısbağalar, Eprillə birlikdə işləyərək, Şrederin planını dayandırmağa çalışırlar. Film, tısbağaların mənşəyini, onların usta Splinterlə (Master Splinter) münasibətini və onların Nyu-Yorku qorumaq üçün mübarizə aparmasını göstərir.

Film, dostluq, sədaqət və qəhrəmanlıq mövzularını birləşdirir. O, tısbağaların özləri üçün ən yaxşı yolu tapmağa çalışmasını və insanların da onları qəbul etməsinin vacibliyini göstərir.