Birinci filmdəki hadisələrdən sonra, tısbağalar, Leonardo (Leonardo), Rafael (Raphael), Mikelancelo (Michelangelo) və Donatello (Donatello) yenidən Şreder (Shredder) ilə qarşılaşırlar. Bu dəfə Şreder, Yer kürəsini (Earth) məhv etmək üçün təhlükəli bir plan hazırlayır.

Tısbağalar, Şrederi dayandırmaq üçün dostları Eprill (April), Vern (Vern) və hokkey oyunçusu Keysi Cons (Casey Jones) ilə birləşirlər. Onlar, Şrederin planını dayandırmaq üçün birlikdə işləməyə başlayırlar. Film, tısbağaların Nyu-Yorku qorumaq üçün mübarizə aparmasını və onların dostlarının onlara necə kömək etdiyini göstərir.

Film, dostluq, sədaqət və qəhrəmanlıq mövzularını birləşdirir. O, tısbağaların özləri üçün ən yaxşı yolu tapmağa çalışmasını və insanların da onları qəbul etməsinin vacibliyini göstərir.