"Pişiklər və itlər" filmində itlər və pişiklər arasında əsrlər boyu davam edən gizli bir müharibənin olduğu göstərilir. Onlar insanlar üçün görünməz olan bir kəşfiyyat şəbəkəsi vasitəsilə bir-birlərinə qarşı döyüşürlər. Bu müharibədə itlər dünyanı qorumağa çalışarkən, pişiklər isə dünyanı ələ keçirməyə və insanları kölə etməyə çalışırlar.

Film, Brodi (Brody) adlı gənc bir it və onun sahibləri, Cek (Jack) və Meri (Mary) ilə qarşılaşdığı bir hekayəni danışır. Cek, itlər tərəfindən idarə olunan bir gizli təşkilatın üzvüdür. O, bir sirli alimin qızına qarşı olan bir planı ləğv etməlidir.

Film, itlər və pişiklər arasında olan mübarizəni, dostluq, sədaqət və qəhrəmanlıq mövzularını birləşdirir. O, insanların həyatında heyvanların rolu və onların davranışlarının əsl səbəbləri haqqında bir hekayədir.